ปัญหาแรงงานไทยในไต้หวัน ส่วนมากเป็นปัญหานายจ้างไม่ปฏิบัติตามกฎหมาย และสัญญาจ้างงาน โดยมีการเปลี่ยนสัญญาจ้างฉบับใหม่ ลดสวัสดิการ เลิกจ้างก่อนครบกำหนด สัญญาจ้าง หักเงินค่าจ้างเพื่อป้องกันการหลบหนี ให้ทำงานไม่ตรงตามตำแหน่ง หักเงินภาษีเกิน เป็นต้น

ปัจจุบันปัญหาการเสพยาเสพติดในหมู่คนงานไทยในไต้หวันขยายวงเพิ่มขึ้น แก็งค้ายาเสพติดจะชักจูงให้แรงงานเสพยา หากไม่มีเงินก็สามารถซื้อได้ในระบบเงินเชื่อ เมื่อติดหนี้มากขึ้น ก็จะถูกชักนำเข้าสู่กระบวนการเป็นผู้ขาย ทำให้ยาเสพติดแพร่กระจายสู่โรงงานต่างๆง่ายขึ้น แรงงานไทยที่ติดยาเสพติด ต้องถูกนายจ้างส่งกลับก่อนกำหนดเนื่องจากไม่สามารถทำงานได้ บางรายเดินทางไปทำงานและผันตัวเป็นเอเยนต์ผู้ขาย